OcciPhage

Le genre Xanthomonas comprend des bactéries attaquant plus de 400 espèces végétales, dont des cultures d’intérêt économique pour l’Occitanie (Chou, tomate, melon…) mais aussi pour les pays du Sud (manioc, riz, banane..). Les traitements phytosanitaires conduisent à la stérilisation des sols et une pollution multi-échelle de l’environnement. Il est donc nécessaire d’opérer une transition dans les pratiques visant à protéger les plantes contre leurs bioagresseurs dans des conditions respectueuses de l’environnement. A cette fin, il convient donc de développer de nouvelles stratégies de lutte phytosanitaire moins polluantes et compatibles avec l’agroécologie.
Les bactériophages sont des organismes non-toxiques qui infectent strictement les bactéries de manière spécifique et sont présents dans l’environnement. Leur potentiel thérapeutique pour lutter contre les maladies a été démontré sur de nombreuses bactéries. Le but de ce projet est d’explorer et exploiter la biodiversité des bactériophages en présence dans les agroécosystèmes, afin de créer des cocktails de bactériophages permettant le biocontrôle des Xanthomonas pathogènes.
Nous reposons sur l’étude de deux modèles de bactériose, un premier touchant une culture tropicale (le manioc), et un second modèle affectant des cultures de milieu tempéré (Crucifères : chou, chou-fleur, brocoli..). 

Nos objectifs :
– structurer et promouvoir la recherche sur les phages dans le domaine agricole en Occitanie 
– caractériser la diversité des bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas en milieu agricole ainsi que celle des phages ayant un potentiel sanitaire ciblant la diversité bactérienne régionale
– caractériser les interactions entre les phages et les bactéries au niveau moléculaire afin d’identifier des candidats phages efficaces pour des stratégies de biocontrôle à long terme
– apporter des connaissances sur la faisabilité agronomique des stratégies de lutte que nous proposons
– évaluer l’acceptabilité par les acteurs de terrain de l’usage de bactériophages comme alternative thérapeutique.

OcciPhage associe des chercheurs spécialisés en phytopathologie, épidémiosurveillance et génomique des interactions plante-pathogènes, des virologistes travaillant sur la biologie évolutive des bactériophages, des bactériologistes spécialistes de l’écologie microbienne et de l’interaction phages-phytobactéries, des agronomes et des sociologues.